Ansökningarna kommer att utvärderas av ett vetenskapligt råd och ett industriellt råd. Det vetenskapliga rådet svarar för den vetenskapliga bedömningen, där höjd och nytänkande är viktiga kriterier. Det industriella rådet svarar för den strategiska och affärsmässiga bedömningen, där förbättrade miljöprestanda och industriell relevans utgör fokus.
ProEnviros styrelse fattar beslut den 18 december med de båda rådens bedömningar som underlag.
ProEnviro omfattar totalt 60 miljoner kronor och pågår till och med 2009. Två utlysningar planeras och de första projekten beräknas kunna starta i februari 2007.